Le Secrétariat général comprend :
1- les services du Secrétariat général :
- un Secrétariat particulier ;
- un Bureau d’études ;
- un Centre d’écoute et de documentation sur les droits humains ;
- un Service central du courrier
- un Service de la reprographie.
2- les structures centrales :
- la Direction générale des affaires juridiques et judiciaires ;
- la Direction générale de la politique criminelle et du sceau ;
- la Direction générale de la défense des droits humains ;
- la Direction générale de la promotion des droits humains ;
- la Direction générale de la promotion civique ;
- la Direction générale des études et des statistiques sectorielles ;
- la Direction de l’administration et des finances ;
- la Direction des marchés publics ;
- la Direction des ressources humaines ;
- la Direction des services informatiques ;
- la Direction du développement institutionnel et de l’innovation ;
- la Direction des archives et de la documentation ;
- la Direction de la communication et de la presse ministérielle ;
- la Direction de l’accès à la justice et de l’aide aux victimes ;
- la Perception spécialisée.
3- les structures déconcentrées :
- les Juridictions ;
- les Directions régionales de la garde de sécurité pénitentiaire ;
- les Établissements pénitentiaires ;
- les Directions régionales des droits humains.
4- les structures rattachées :
- la Commission Nationale de Codification ;
- la Commission Nationale pour l’Harmonisation du Droit des Affaires ;
- le Centre National de Formation des Professions Judiciaires ;
- la Section magistrature de l’École Nationale d’Administration et de Magistrature ;
- l’École Nationale de la Garde de Sécurité Pénitentiaire ;
- le Fonds d’assistance judiciaire ;
- les projets et programmes du Ministère.
5- les structures de mission:
Les structures de mission concourent à l’exécution des missions conjoncturelles ou temporaires.
Elles sont mises en place en cas de besoin.